Свою историю отдел (организации научной работы и подготовки научно-педагогических кадров) ведет с 1945 года, с создания научно-исследовательского отдела (НИО). В 1979 году в вузе был также создан специальный научно-исследовательский отдел (НИО-2). В 1994 году НИО и НИО-2 были объединены в один отдел.

Отдел до 2013 года именовался научно-исследовательским отделом, после чего был переименован в отдел (организации научной работы и подготовки научно-педагогических кадров).

Отдел (организации научной работы и подготовки научно-педагогических кадров) является одним из ведущих подразделений института.

На отдел возлагаются следующие задачи: координация научной деятельности института, его структурных подразделений; разработка совместно с кафедрами планов научной работы и планов подготовки научно-педагогических и научных кадров, контроль за их исполнением и учет внедрения результатов научных исследований; организация подготовки научно-педагогических и научных кадров в военной докторантуре, адъюнктуре и путем соискательства; организация работы диссертационных советов по защите диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук; организация научных конференций, конкурсов, выставок научно-технического творчества; осуществление научных связей с образовательными и научно-исследовательскими организациями, войсками и предприятиями промышленности; организация исследований на мероприятиях стратегической, оперативной, мобилизационной и боевой подготовки войск (сил) и органов военного управления; организация развития базы для выполнения научных исследований; организация военно-научной работы курсантов; организация изобретательской, рационализаторской и патентно-лицензионной работы.

Организация научной (научно-исследовательской) деятельности и подготовки научно-педагогических кадров в институте осуществляется в соответствии с требованиями руководящих документов Министерства обороны Российской Федерации и годовыми планами научной работы и подготовки научно-педагогических кадров института.

В 2020 году научно-педагогическим составом института проводятся исследования по 67 научно-исследовательским работам, 21 из которых I и II категории. Исследования также проводятся и в ходе мероприятий оперативной и боевой подготовки:

• командно-штабных учений со слушателями и курсантами,
• специальных учений с органами управления МТО Центрального военного округа.

Укомплектованность преподавательского состава учеными соответствует требованиям к высшим учебным заведениям; это позволяет научному потенциалу института обеспечивать выполнение планов научных исследований и качественное ведение образовательной и методической деятельности.

В результате работы по подготовке научно-педагогических кадров за прошлый год в институте подготовлено 6 кандидатов наук.