• Начальник института
• Заместитель начальника института
• Заместитель начальника института по УНР
• Заместитель начальника института по ВПР
• Заместитель начальника института по МТО
• Помощник начальника института по работе с верующими военнослужащими

Отделы (отделения):

• Учебно-методический отдел
• Отдел (организации научной работы и подготовки научно-педагогических кадров)
• Отдел материально-технического обеспечения
• Военно-политическое отделение
• Строевое отделение
• Отделение кадров
• Редакционно-издательский отдел
• Научно-исследовательский отдел (развития специальных фортификационных сооружений защищенных пунктов управления)

Службы:

• Юридическая служба
• Служба связи
• Медицинская служба

Факультеты

• Инженерно-технический факультет
• Факультет энергетики
• Факультет строительства военно-морских баз
• Факультет переподготовки и повышения квалификации
• Специальный факультет
• Отделение (среднего профессионального образования)

Кафедры:

• Кафедра (технологии, организации и экономики строительства)
• Кафедра (фортификации и специальных сооружений)
• Кафедра (пожарной безопасности)
• Кафедра (тепло- и электрообеспечения специальных технических систем и объектов)
• Кафедра (организации повседневной деятельности)
• Кафедра (систем жизнеобеспечения объектов военной инфраструктуры)
• Кафедра (управления строительством и эксплуатацией объектов военной инфраструктуры)
• Кафедра (тактики и общевоенных дисциплин)
• Кафедра (военной архитектуры, автоматизированных систем проектирования, естественно-научных дисциплин)
• Кафедра (гуманитарных дисциплин)
• Кафедра (физической подготовки)
• Кафедра (иностранных языков)
• Кафедра (русского языка)
• Кафедра (применения автомобильных подразделений)